Powikłania mogą być powodowane przez sam wirus grypy lub wynikać z nadkażenia bakteryjnego. W wyniku zajęcia przez wirusy nabłonka dróg oddechowych następuje niszczenie jego rzęsek, co pozbawia organizm skutecznej ochrony przed wnikaniem bakterii i stanowi dla nich swego rodzaju zaproszenie dla zajmowania dróg oddechowych. Najczęściej spotykanymi patogenami są wówczas: Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus oraz Haemophilus influenzae. Szczególnie niebezpieczne wydaje się być nadkażenie paciorkowcem i gronkowcem. Wykazano, że wirus grypy toruje drogę tym gatunkom bakterii poprzez zahamowanie wybiórcze niektórych receptorów komórkowych oraz produkcję neuraminidazy.

Najczęstszymi powikłaniami grypy są zapalenia oskrzeli i zapalenia płuc. Do częstych następstw grypy należą również zapalenie ucha i zatok. W przebiegu grypy zaostrzeniu ulegają procesy przewlekłe takie jak astma, cukrzyca, choroby płuc, choroby układu krążenia.

W przebiegu grypy rzadko występują powikłania ze strony układu nerwowego. Zaliczamy tu: zapalenia nerwów obwodowych, zapalenie wielonerwowe, zapalenie Guillaine-Barre, zapalenie rdzenia kręgowego, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zapalenie mózgu (którego przebieg jest dramatyczny z utratą świadomości w ciągu kilku godzin).

Znane są również powikłania ze strony układu krążenia: zapalenie mięśnia sercowego, zapalenie osierdzia.

U kobiet w ciąży, szczególnie w pierwszym trymestrze, może wystąpić poronienie.

Zgony dotyczą głównie osób po sześćdziesiątym roku życia - tylko 5% wszystkich powikłań śmiertelnych występuje u osób poniżej sześćdziesiątego roku życia.